La razón probable es que el complemento Flash no puede aprovechar ningún tipo de aceleración de hardware compatible con el controlador de su tarjeta gráfica. Luego todo se decodifica utilizando la CPU.
Los controladores Intel presentes en su sistema permiten que VLC use su GPU en lugar de su CPU para reproducir la película con aceleración de video, lo cual es mucho mejor por razones obvias.
Además, la API de aceleración de hardware Flash (Stage Video) requiere que los desarrolladores realmente agreguen soporte en sus SWF de reproductor de video.
Si el reproductor de video no tiene soporte incorporado para él, incluso si la versión de Flash que tiene tiene VA habilitado y sus controladores lo admiten (parece que lo hacen ya que VLC aparentemente lo está usando) su video se decodificará a través de la CPU.