No, no hay motivo para esto. En 16.04 esas opciones relevantes se establecen en el /etc/apt/apt.conf.d/10periodic
archivo
Obviamente, la forma más fácil de alterar es a través de Software y Actualizaciones> Actualizaciones que edita ese archivo si cambia de forma predeterminada.
Puede editar ese archivo manualmente si lo desea o crear algún comando para configurar las opciones en falso ("0"
Edite /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
para deshabilitar las actualizaciones automáticas desde la línea de comando:
$ sudo nano /etc/apt/apt.conf.d/20auto-upgrades
Una vez que tenga el archivo abierto, apague la directiva Update-Package-Lists de 1 a 0 como se muestra a continuación:
APT::Periodic::Update-Package-Lists "0";
APT::Periodic::Unattended-Upgrade "1";