Si hiberna Windows (o tiene un propósito o por un ahorro de energía), use ubuntu para almacenar archivos en la partición NTFS y luego inicie Windows, Windows cree que el disco estaba dañado mientras estaba en hibernación y "corrige" algo diferente. Después de eso, volver a ubuntu solo confirma que los archivos han sido eliminados.
También he visto que Windows 7 puede hacer un chkdsk después de instalar actualizaciones en shudown cuando lo vuelve a abrir. Windows realiza tareas adicionales relacionadas con la instalación de actualizaciones, así que tenga cuidado de no arrancar en Ubuntu después de cerrar las actualizaciones. http://www.linuxquestions.org/questions/linux-newbie-8/windows-chkdsk-deletes-files-written-by-ubuntu-on-an-ntfs-partition-913606/
Sí, incluso en una partición compartida separada de la partición de Windows y tenga cuidado incluso con particiones gruesas (unidades usb).
Fuentes, /superuser/211079/what-do-i-have-to-take-care-of-when-hibernating-both-ubuntu-and-windows-dual-bo/211175#211175 , /superuser/39532/hibernating-and-booting-into-another-os-will-my-filesystems-be-corrupted
Editar: Estaba buscando en el sitio de viudas para tratar de encontrar si detallaban el proceso de hibernación, pero esto suena interesante http://msdn.microsoft.com/en-us/library/dd143253(v=winembedded.5).aspx , Parece que, en el mejor de los casos, el almacenamiento en caché de escritura desde el disco duro se guarda en la memoria, luego se escribe después de volver a encender la unidad, esto puede significar que los archivos no se pueden recuperar, porque no se "elimina" como al eliminar el primero letra del archivo para que el sistema no lo vea, pero en realidad sobrescribe grandes áreas de datos que se han almacenado en caché. Necesita ser investigado más.