Debe verificar y ver si sus discos están fallando. Existen herramientas de línea de comandos para monitorear datos SMART (que son datos que el hd informa sobre su propia salud).
sudo apt-get install smartmontools gsmartcontrol
Gsmartcontrol es una versión gui de la misma herramienta, y es muy fácil de usar. Seleccione el disco y ejecute una prueba corta o larga, además de ver los errores que informa el disco duro.
Para ejecutar a través de la línea de comando, haga lo siguiente
sudo smartctl -i /dev/sda
Asegúrese de que SMART esté activado. Si no,
sudo smartctl -s on /dev/sda
Finalmente corre
sudo smartctl -a /dev/sda
o si es una unidad de disco serial.
sudo smartctl -a -d ata /dev/sda
Consulte este enlace para obtener más información sobre smartmontools.
http://sourceforge.net/apps/trac/smartmontools/wiki/TocDoc