Los paquetes de instalación de R 3.5.0 para Ubuntu Xenial (16.04) todavía no existen en los sitios espejo de ubuntu. ¿Existe algún método alternativo para actualizar R a 3.5.0 en ubuntu xenial? Alternativamente, ¿hay un método diferente para actualizar R a 3.5.0?

Actualmente, R 3.5 solo está disponible desde un PPA, porque algunos de los paquetes de CRAN tienen problemas para construir con R 3.5.

Proceda bajo su propio riesgo.

El procedimiento que funcionó para mí es:

1. Elimine todos los r-cran-*paquetes de su sistema (YMMV, generalmente estoy instalando paquetes desde el origen y tengo muy pocos de estos)

   • Busque con dpkg -l | grep r-cran-

2. Agregue el PPA de Michael Rutter :

   sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter3.5
   sudo apt-get update
   

3. Upgrade R

   sudo apt install r-api-3.5
   

4. Instale todos los paquetes que necesita desde el origen (a una biblioteca personal o de sitio a través de install.packages()) o instalando el r-cran-*paquete Ubuntu correspondiente .

   Utilizo el siguiente script para reinstalar todos los paquetes mis paquetes de mi biblioteca de sitio personal para R 3.4:

   installed <- rownames(installed.packages())
   pkgs <- dir("~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4")
   new <- setdiff(pkgs, installed)
   new
   install.packages(new)
   

   Si tiene una máquina con múltiples CPU, puede acelerar el proceso, por ejemplo:

   install.packages(new, Ncpus = 6)
   

Referencias

• Respuesta de Dirk Eddelbuettel a una consulta similar sobre la lista de correo R-SIG-Debian

• Pregunta SO relacionada

El sitio de CRAN se ha actualizado desde la respuesta de @ krlmlr a principios de junio: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/ .

Las instrucciones de CRAN tienen varios pasos, pero el resumen es que el sources.listarchivo debe hacer referencia a un repositorio específico para las versiones 3.5.xy 3.6.x. La entrada es algo como

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial-cran35/

en lugar de la entrada anterior (sin versión) de

deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu xenial/

La descripción relevante del sitio web (que eventualmente cambiará):

Los paquetes R 3.6 para Ubuntu en i386 y amd64 están disponibles para la mayoría de las versiones de escritorio estables de Ubuntu hasta su fecha de finalización oficial. Sin embargo, solo la última versión de Soporte a largo plazo (LTS) es totalmente compatible. A partir del 18 de noviembre de 2018, las versiones compatibles son Xenial Xerus (16.04; LTS), Trusty Tahr (14.04; LTS), Bionic Beaver (18.04; LTS), Cosmic Cuttlefish (18.10) y Disco Dingo (19.04). Tenga en cuenta que para instalar paquetes R 3.6, se necesita una entrada diferente de sources.list. Ver abajo para más detalles. Aunque R se ha movido a la versión 3.6, por compatibilidad, la entrada sources.list todavía usa la designación cran3.5.

editar 2019-05-13: actualización para el lanzamiento del mes pasado de R 3.6.0.

La xenial-cran35/versión del repositorio NO funciona si tiene una "versión predeterminada" establecida en apt, como es el caso en algunas distribuciones que funcionan sobre Ubuntu, como Mint. Para mi distribución de Mint, existe un archivo /etc/apt/apt.conf.d/01ubuntudentro del cual declara Default-Release "xenial"; Lo que esto significa es que, dado que r-base existe en el repositorio de ubuntu en la versión 3.2, con el lanzamiento "xenial", nunca usará la rama 3.6 del otro repositorio, porque el nombre de lanzamiento para ese repositorio es "xenial-cran35". Necesita editar ese archivo para cambiar la versión predeterminada a "xenail-cran35", o hacer algo más puntiagudo usando archivos de preferencias apt ( https://wiki.debian.org/AptPreferences#A.2Fetc.2Fapt.2Fpreferences ).

Esto es básicamente culpa de R por tener un repositorio mal formateado. Deberían haber tenido 2 repos, cada uno de los cuales tenía una carpeta de lanzamiento "xenial", una url para su trabajo de rama 3.2 y otra para el trabajo de rama 3.5+. En cambio, tienen un repositorio, y en su lugar bastardaron el "nombre de la versión", que de alguna manera funciona para Ubuntu base, pero no funcionará si tiene una configuración no base de apt de esta manera.

Esto debe hacerse así actualmente:

sudo apt purge r-base* r-recommended r-cran-*
sudo apt autoremove
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/'
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
sudo apt update
sudo apt install r-base-dev

'bionic' se puede cambiar a su versión de ubuntu; verifique los documentos de R: https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/

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