Recientemente, nautilus, el administrador de archivos predeterminado, recibió un cuadro de diálogo de cambio de nombre por lotes. Todavía no es lo suficientemente poderoso como para hacer lo que quieres. Pero afortunadamente existe Thunar, un administrador de archivos alternativo que se puede instalar. Con el diálogo de cambio de nombre de Thunars puedes hacer lo que quieras con la GUI.
Primero instale thunar:
sudo apt install thunar
Inicie thunar, navegue hasta el directorio que tiene sus archivos. Luego seleccione todos ellos. Presione F2.
En el cuadro de diálogo que se abre, nuevamente, seleccione todos los archivos. Cambie el modo a "Buscar y reemplazar" y a "Nombre y sufijo". Marque "Expresión regular". Ahora use lo siguiente como patrones de búsqueda y reemplazo:
file\.(.+)\.pdb
y
file.pdb.$1
Finalmente haga clic en el botón Cambiar nombre.
La ventaja de esta manera es que obtienes una vista previa visual de lo que sucederá antes de cambiar el nombre.