Ubiquity te permite elegir qué quieres hacer con tus particiones. Si usa particiones manuales, puede reutilizar su diseño de partición existente. Esto es lo que hago. Puedo reutilizar mi / home existente como la partición / home para la nueva instalación. Y puedo elegir formatear esa partición o no.
He reutilizado diseños de particiones existentes en nuevas instalaciones de Ubuntu varias veces con sistemas de archivos Ext4 y btrfs. Funciona exactamente como se esperaba. Sin sorpresas ni problemas (siempre y cuando esté familiarizado con la partición, lo que parece que sí). Simplemente use la partición manual cuando llegue a ese paso en Ubiquity.
¿Qué hace la ubicuidad si le pido que reemplace la instalación anterior de Ubuntu por una nueva?
Por otro lado, si usted está esperando a automagicamente reutilizar sus particiones con todas las opciones de instalación por defecto, no va a hacer eso. Instalará todo a / (root).