Phoronix ha ejecutado un conjunto de pruebas y un par de artículos sobre el rendimiento de eCryptfs al cifrar directorios de inicio:
Lo que me quito de esos artículos es que el cifrado (como se esperaba) de acuerdo con los puntos de referencia, afecta en cierta medida el rendimiento de lectura y escritura. En CPU pequeñas (procesadores Atom) y en discos duros rápidos (SSD), esto es quizás más notable. Dicho esto, al usar eCryptfs, solo paga esa penalización de rendimiento al leer / escribir datos en su directorio de inicio (y no en el resto del sistema, como lo haría con el cifrado de disco completo). Además, con procesadores más rápidos, la cantidad de tiempo que se dedica a realizar ese cifrado / descifrado a menudo se ajusta a la espera de E / S para acceder a los datos del disco, que generalmente es el cuello de botella.
En cuanto a su problema particular, si está escuchando mucho ruido de "búsqueda de disco duro", me parece que su sistema está intercambiando datos de la memoria al disco, y viceversa. Si ha elegido utilizar eCryptfs, Ubuntu encriptará automáticamente su espacio de intercambio (que es necesario para proteger sus datos encriptados). Sin embargo, el intercambio encriptado también es muy costoso.
Personalmente, sobrecargo mis sistemas con mucha RAM (8 GB en la mayoría de mis sistemas) y deshabilito el intercambio por completo.