No puedo hablar por todas las mezquitas del país, pero desde mi experiencia de visitar algunas mezquitas en KL y Malacca, es un caso de "Más o menos".
Todas las mezquitas tenían áreas de visitantes donde nadie tenía ningún problema conmigo, un hombre blanco con jeans y una camiseta lisa venían a echar un vistazo.
Los letreros decían que no había pantalones cortos ni camisas con imágenes de calaveras (u otras cosas salvajes), pero no encontré ningún problema, están acostumbrados a los turistas.
Sin embargo ... esto fue solo para ver un área de visitantes. Ir a la parte principal de la mezquita en sí donde se celebra el culto; los dos grandes en KL tenían carteles que decían explícitamente que esto no estaba permitido para los no musulmanes.
Si mal no recuerdo, la mezquita nacional había establecido horarios en que a los no musulmanes se les permitía hacer giras, pero en general no estaba permitido.