Depende de a dónde vayas en Tokio.
En general, a menos que vaya a áreas específicas en el sudoeste de la ciudad, donde las líneas privadas como el keio y el odakyu brindan la mayor parte del servicio (aunque no es tanto para los turistas allí ...), puede obtenerla simplemente a líneas JR como turista. El metro y el metro generalmente sirven para llenar los vacíos entre las estaciones JR más importantes, y en gran parte sirven a las personas que viven y trabajan en la ciudad.
El transporte en Japón es bastante barato. El metro generalmente es unos pocos yenes más que las líneas JR, pero aún se está hablando de menos de 300 yenes por viaje dentro del centro de Tokio. No es algo de qué preocuparse.
Si el pase para los días adicionales en Tokio funciona a más de 1000 por día, entonces no vale la pena. Es poco probable que tome muchos trenes en un día y la conveniencia de los ferrocarriles subterráneos a veces puede ser agradable para brindarle un viaje más rápido que para seguir la ruta JR.
Si funciona a solo 500 o más por día, entonces vale la pena. JR no es para nada inútil en Tokio, ¿esas imágenes famosas que has visto de los empujadores del metro en Tokio? Probablemente no estaban en el metro, la mayoría de los videos que he visto eran de la línea de circunvalación de JR de Yamanote.