Lo que generalmente sucede es que originalmente, hay una estación llamada X (que puede o no tener el nombre de la ciudad donde se encuentra). En algún momento se decide que el área necesita una nueva estación, y que la nueva estación se llamará simplemente "Shin-X", que debe entenderse como "la nueva X".
A veces, la razón por la cual es necesaria una nueva estación es que se planea una nueva línea Shinkansen al área y se determina que la estación existente no es adecuada para acomodarla. Esto es lo que sucedió en Shin-Osaka, por ejemplo: el área alrededor de la estación de Osaka no tenía suficiente espacio para los desarrollos necesarios.
Sin embargo, puede haber muchas otras razones por las que se necesita una nueva estación. En el caso de Shin-Sapporo, fue para servir a un nuevo desarrollo urbano (que por cierto también se llamó Shin-Sapporo). Una interesante es Shin-Rifu (en la ciudad de Rifu, cerca de Sendai), que se estableció cuando el Tohoku Shinkansen comenzó a operar, no porque el Shinkansen realmente vaya a esta estación, sino para acomodar a los empleados y visitantes del patio ferroviario vecino de Shinkansen. La página wikipedia japonesa de una estación generalmente tiene una sección de "Historia" donde se proporciona información de fondo sobre su establecimiento.
Y a veces Shin es solo parte del nombre "real" de la estación, como en la estación de Shintoku (en la ciudad de Shintoku, Hokkaido).