Cuando visité Dubai hace un par de años, nunca me preguntaron sobre mis puntos de vista religiosos. No están en ninguna forma que te den, no está en mi pasaporte y documentos de viaje, y nunca me lo pidieron verbalmente. Así que pasar por la inmigración no será un problema.
Además, Dubai está lleno de trabajadores no musulmanes, en su mayoría filipinos, indios, británicos y estadounidenses. Los árabes allí prefieren contratar a no árabes para trabajos que no quieren hacer ellos mismos, o por experiencia específica. Si tuvieran un problema con otras religiones, tendrían que despedir a la mayor parte de su fuerza laboral, que es en su mayoría católica, protestante cristiana, budista o hindú. (Muchos son probablemente secretamente agnósticos o seculares y solo dicen que son una religión en particular para mezclarse con su cultura religiosa).
Dicho esto, no recomendaría entrar en discusiones religiosas sobre el ateísmo mientras esté allí. Si bien permiten que los huéspedes en su país no sean musulmanes, no se toman bien a alguien que intenta convertir a las personas a otra religión (o convencen a las personas de que no hay Dios). Y plantear un debate lógico sobre los méritos del ateísmo se podría considerar tratar de convertir a alguien y, posiblemente, interpretarlo como un insulto a su Dios (es decir, Alá), ya que estarías negando abiertamente que Él existe.
Básicamente, mantén la lengua y probablemente estarás bien.