Aunque la respuesta de Fifaltra es muy buena, quiero agregar algunas cosas como alguien que vivió en Japón durante varios años:
1: los anuncios en inglés no son del todo universales. Sal del centro de Tokio y se detienen. Sin embargo, la señalización en inglés es bastante universal en todo el país (¿IIRC quizás haya una línea privada en el oeste residencial de Tokio que no la tiene? Pero es poco probable que vaya allí).
Pero no te preocupes por esto. Es fácil descubrir qué es japonés para la "próxima estación" y luego dicen el nombre de la estación.
2: No te preocupes por los boletos para los trenes. La forma en que funciona el sistema en Japón es que si tiene el boleto incorrecto, puede pagar el precio normal al final del viaje, sin multas ni nada. Entonces, si se encuentra con una estación sin inglés en su gran lista de precios en el mapa (esto no es del todo común) simplemente compre el boleto más barato y suba al tren, déselo al tipo de la ventana en su destino y pague la diferencia.
El japonés es bastante fácil de pronunciar, por lo que si está totalmente perdido, incluso un trabajador de una estación completamente monolingüe debería poder señalarle el tren correcto si simplemente dice "¿Shibuya?" a él de manera burlona señalando a tu alrededor.
3: Los tours son una gran cosa en Japón, a menudo aparecen en los medios japoneses. Hacer giras es algo muy estereotípico para los jubilados. Tours dirigidos a extranjeros ... No esperaría nada demasiado bueno.
Realmente solo recomendaría un recorrido si sabes que es con un experto en particular en el sitio al que vas o si es un país muy peligroso. El segundo no se aplica a Japón y el primero solo debe ser para días particulares de su visita, no para todo el viaje.
4: Cuando me mudé al Japón rural no hablaba japonés. Después de algunos años, muchas personas en la misma área rural todavía no hablaban japonés. En Tokio la gente vive durante décadas sin molestarse en aprender japonés. Japón es un país muy fácil de manejar en inglés.
Aunque los japoneses tienen un estereotipo de inglés pobre, esto está muy sobrevalorado. La mayoría de los japoneses entenderán mucho más inglés de lo que ellos creen. En Tokio nunca estarás a más de unos metros de un hablante de inglés. En Kyoto y otras áreas turísticas importantes también, las personas que pueden hablar inglés son bastante comunes.