Las unidades externas (o internas - la misma unidad, caso diferente) tendrán cero problemas con el transporte aéreo comercial. Los rayos X no los afectan, y cualquier vibración en vuelo capaz de dañar una unidad de disco también destruirá el avión.
Ahora que está asumiendo que está apagado. Las unidades que se ejecutan no les gusta que las golpeen, pero eso también se aplica a su escritorio. Como mencionó Ital, la altitud es un factor para las unidades de giro, pero los límites de altitud están muy por encima de la presión estándar de la cabina. Si las máscaras amarillas saltan del techo, es hora de guardar tu computadora de todos modos, ya que estarás aterrizando muy pronto.
Así que, a menos que lo bajes por las escaleras, o se caiga del carrito de equipaje y sea atropellado por un remolcador de avión, estará bien.