No puedes hacer autostop a las Galápagos.
Si está tratando de hacer cosas a bajo precio, su mejor opción es acudir a Guayaquil en Ecuador. Desde aquí tienen cruceros en botes que parten en recorridos por las Islas Galápagos. Si tienes tiempo libre, puedes quedarte y esperar un recorrido en barco donde no hayan vendido todos los espacios. Dependiendo de la demanda, puede obtener un acuerdo por hasta la mitad del precio de un boleto normal.
La otra opción es pagar un bote de carga para que lo lleve. Sin embargo, puede ser un poco difícil y es posible que deba traer su propia hamaca. ¡Creo que toma alrededor de 3 días y medio en un barco de carga, por lo que probablemente no sea el más cómodo!