No hay diferencia más que el precio, al menos en el avión. A bordo, la única diferencia entre el servicio de pasajeros se diferencia por la clase. Por lo general, hay hasta 4 clases: Economy, Premium Economy (o Economy Comfort), Business y First class.
Creo que tampoco habrá diferencia en el aeropuerto para la clase Economy al menos. Algunas aerolíneas reservan sus boletos de salón a negocios solo para sus clientes (por lo tanto, si compra un asiento de clase ejecutiva con Air India para un vuelo operado por Singapore Airlines, es posible que no pueda acceder al salón de Singapore Airlines, por ejemplo ).
Aparte de eso, las condiciones de venta de entradas suelen ser diferentes en muchos puntos. Primero, no obtendrá la misma cantidad de millas de viajero frecuente, o incluso ninguna. También podría afectar a qué programa de viajero frecuente acredita sus millas (como agregó @Gagravarr). Las condiciones de reembolso e intercambio también serán específicas. Puede haber otras condiciones de emisión de boletos que olvido que dependen del vendedor y no de la aerolínea operadora.
Nota: en Germanwings, me pidieron mi nombre para saber la clase de tarifa con la que reservé, y me dieron una pequeña bolsa con comida cuyo contenido dependía de mi clase de tarifa. Entonces, en este caso, los pasajeros en la misma cabina pueden tener una experiencia de vuelo diferente.