Como alguien que lo ha hecho, me gusta el autobús. Por supuesto, hay pros y contras de cada uno.
Autobús
Pros : un autobús es más barato, puedes ver más del campo, interactuar con más personas. Obtienes descansos, obtienes buenos asientos (¡tienen autobuses de clase ejecutiva!) Y puedes detenerte en lugares en el camino. Nos detuvimos en Arequipa para ir al Cañón del Colca, y en Nazca por unas horas para ver las Líneas de Nazca.
Contras : lleva mucho tiempo. Algunas piernas en el desierto pueden ser aburridas. Algunas personas argumentan que es un camino peligroso, pero yo diría que tal vez solo en las montañas: el camino costero de Nazca a Lima es moderno y de alta calidad.
Avión
Pros : Llegas más rápido. Tienes una vista aérea. Ahorrar tiempo.
Contras : es más caro. No tendrá una introducción gradual a la altitud y, como resultado, puede recibir un poco de shock cuando salga del avión; puede ser bastante difícil los primeros días. Estás atrapado en un asiento estrecho de clase económica. No puedes interactuar con muchas personas.
Espero que eso ayude. Personalmente, aunque viajé la última vez, si tuviera tiempo, volvería a hacerlo. No estoy de acuerdo con @vartec: la elección no es obvia y me encantó el viaje en autobús. Pero debes tomar esa decisión tú mismo, por supuesto :)