No, definitivamente no es tan fácil. Además de los 3 viajes en tren y el transporte de equipaje en los trenes que otros han mencionado, si reserva por vía aérea, sus maletas serán revisadas hasta AMS desde PHL. No tendrá que hacer nada en JFK que no sea caminar desde su puerta de llegada hasta su puerta de salida. Si es la misma aerolínea o un socio que opera desde la misma terminal, no necesitará pasar por seguridad nuevamente en JFK.
Si vuela, solo necesitará tocar sus maletas y pasar la seguridad en PHL, por lo que no necesitará planificar una escala larga en JFK si todo está reservado en un boleto. Por otro lado, si toma el tren, deberá planificar más tiempo en JFK, ya que tendrá que esperar en la fila para registrar sus maletas y esperar en la fila para despejar la seguridad. Dependiendo de la terminal, la aerolínea, la hora del día, si tiene TSA PreCheck, su estado con la (s) aerolínea (s) en cuestión y su clase de servicio reservada, esto podría llevar desde unos minutos hasta más de una hora. Definitivamente tomará más tiempo que simplemente caminar desde la puerta de llegada hasta la puerta de salida si está reservado en la misma aerolínea.
Sin embargo, tenga en cuenta que lo anterior solo se aplica a la dirección que ha indicado: PHL-JFK-AMS. Para la ruta inversa, lo mismo no sería cierto. Para AMS-JFK-PHL, necesitaría pasar la inmigración y las aduanas de EE. UU. En JFK y luego volver a pasar la seguridad para llegar a su vuelo de conexión a PHL. Al llegar a los EE. UU., Siempre debe autorizar la inmigración de los EE. UU. En su primer puerto de llegada (el caso normal) o en el último aeropuerto antes de llegar a los EE. UU. (En el caso de los aeropuertos que tienen autorización previa de inmigración de los EE. UU. no.)
Además, como se mencionó en otra respuesta, si reserva con un solo boleto, la aerolínea será responsable de finalmente llevarlo a AMS en caso de una conexión perdida. Por otro lado, si reservas tren y avión por separado, que va a ser potencialmente en el gancho de las consecuencias de la pérdida de un enlace, si se retrasan los trenes.