Actualización (12 de febrero de 2016):
Finalmente instalé El Capitan y ahora puedo confirmar que la respuesta de Ondřej Čertík es correcta. Recomiendo encarecidamente instalar las herramientas de desarrollador de línea de comandos en lugar de deshabilitar SIP.
Como señaló Ondřej, simplemente instalar Xcode no instalará todas las herramientas de desarrollo de línea de comandos. Debes ejecutar xcode-select --install
en Terminal.
Publicación original (5 de diciembre de 2015):
El acceso de escritura a / System, / bin, / sbin, / usr, / etc, / tmp y / var ha sido deshabilitado por defecto en El Capitan, incluso para root. Esto se debe a la nueva función de Protección de integridad de seguridad .
Para deshabilitar SIP , arranque en modo de recuperación y ejecute el comando csrutil disable
en la Terminal.
Descargo de responsabilidad: no lo he probado yo mismo ya que aún no me he actualizado a El Capitan.