Es porque Google cambió algo, puedo testificar en mi propia extensión personalizada que escribí, solía tener un ícono colorido y, de repente, después de que Chrome se actualizó, el ícono se volvió gris (sin embargo, la extensión funcionó correctamente).
Para los desarrolladores que resuelven este molesto error (y lo revisan en Google a esta pregunta) , respondí a una pregunta similar en Stack Overflow.
Tenía que averiguar más, así que hice ingeniería inversa de la famosa extensión AD Block (que tiene un ícono no gris).
Traté de cambiar las cosas en el archivo manifast.json de la extensión , finalmente descubrí que la siguiente configuración mantiene el ícono colorido:
{
...
"browser_action": {
"default_icon": "icons/icon-32.png"
},
...
}