Siento que podría usar una compresión transparente y transparente de carpetas.
Creo que una forma de lograrlo es comprimir normalmente y montar un archivo con Nautillus. HASTA DONDE SE. puede ejecutar programas desde el punto de montaje en un golpe de rendimiento. Mi única preocupación es que el punto de montaje no coincidirá con la ruta de archivo original en la que existía la carpeta.
Con la función NTFS "Comprimir esta carpeta para ahorrar espacio", todos los programas y archivos pueden realizar todas las operaciones de archivos a través del montaje. Incluyendo software que realmente importa, las cosas son como bibliotecas vinculadas y cientos de activos de aplicaciones.
Ideas? Actualmente utilizo ext4 como nadie, pero estoy abierto a jugar con sistemas de archivos más exóticos.