Entonces tu pregunta tiene dos partes
¿El acceso web remoto de Windows Server 2012 admite IPv6?
Si.
¿Puedo acceder a una red IPv6 desde una red IPv4?
No.
Lo que estás pidiendo sería similar a que yo pregunte si puedo llamar a alguien en skype por su nombre de usuario usando el teléfono fijo de mi casa: son dos protocolos completamente separados. Es posible comunicarse en ambos protocolos por separado, siempre que su ISP sea capaz de proporcionarlo.
Como TOOGAM sugirió como comentario a esta pregunta, existen servicios que proporcionan un IPv6 <-> IPv4
proxy que puede usar o comprar para conectarse a la dirección IPv6 de su hogar desde una red IPv4 externa.