Lo uso para cortar una parte de un archivo MP4:
ffmpeg -i input.mp4 -vcodec copy -acodec copy -ss 00:36:18 -to 00:39:50 output.mp4
Funciona bien, pero la imagen de video siempre se congela al principio durante 1 segundo.
No importa de qué archivo de video trate y corte una parte, toma como 1 segundo antes de que comience el video.
Aquí hay un ejemplo de lo que estoy viendo.