La razón por la que esto sucede es por lo que se conoce como "escritorio seguro". El escritorio seguro ha existido desde NT. Ciertas partes del sistema operativo, como la pantalla de inicio de sesión, la pantalla Ctrl + Alt + Supr y la pantalla de la estación de trabajo bloqueada son en realidad sesiones de escritorio completamente diferentes de las que normalmente interactúa. Los programas no pueden interactuar directamente con el escritorio seguro; esto es para evitar que los registradores de teclado, etc., entren en contacto con áreas seguras.
En Windows Vista y versiones posteriores, UAC también es un área de escritorio segura. Si bien parece solo un escritorio atenuado, lo que está viendo es en realidad un espacio de escritorio diferente, con una captura de pantalla oscura de lo que haya en su pantalla. Ningún otro programa puede interactuar con el escritorio seguro de UAC, por lo que un virus no puede, por ejemplo, decir sí a su propio aviso. Esto se aplica a Synergy tal como se aplica a cualquier otro programa: simplemente no está permitido interactuar con el escritorio atenuado UAC.
Si desea todos los beneficios de seguridad de UAC, simplemente no puede utilizar la sinergia. Pero, si necesita sinergia, el mejor compromiso sería configurar UAC para que aún se solicite, pero no en el escritorio seguro. Esto hará que el indicador UAC actúe como una ventana normal en el escritorio normal, lo que significa que la sinergia puede acceder a él.
Espero que eso ayude. Si todavía no funciona, tengo algunas cosas más que podría agregar, pero pruébelo primero y vea si es lo que necesita.