Respuestas:
Necesita cambiar el tamaño de la partición raíz.
Aunque no sé la distribución que está ejecutando, creo que estos pasos en la primera respuesta funcionarán: https://askubuntu.com/questions/24027/how-can-i-resize-an-ext-root-partition -en tiempo de ejecución
También puede ejecutar un .iso de Linux Live en su virtualbox, y usar gparted para cambiar el tamaño de la partición raíz.
Tenga en cuenta que extender el VDI solo se muestra en la salida fdisk -l, ya que eso es solo un cambio de tamaño de partición. El sistema de archivos también debe ser redimensionado, como se mencionó anteriormente.