No creo que HandbrakeCLI permita copiar la transmisión de video. La documentación solo menciona una opción para copiar audio. Por lo tanto, su comando volvería a codificar el video y el audio al mismo tiempo, lo que explica por qué tarda tanto en completarse.
Por supuesto, podría usar otra herramienta. Con ffmpeg , cambiar el audio a MP3 o AAC, mientras se mantiene intacta la transmisión de video, es muy simple:
ffmpeg -i input.avi -c:a libmp3lame -qscale:a 2 -c:v copy output.avi
ffmpeg -i input.mp4 -c:a aac -strict experimental -b:a 192k -c:v copy output.mp4
Pero eso supone que su original ya no tiene audio MP3 o AAC, lo que creo que es muy poco probable. (¿Qué otra cosa sería además de audio PCM sin formato?) De cualquier manera, esos comandos forzarán MP3 o AAC.
Para configurar la calidad o elegir otros codificadores, lea la guía MP3 y la guía AAC .