Para una buena herramienta GUI, hay File Shredder .
Con File Shredder puede eliminar archivos de su disco duro sin temor a que puedan recuperarse. Hay bastantes herramientas de software hoy para la recuperación de archivos eliminados en el sistema operativo Windows. Esas herramientas, a menudo denominadas software de "recuperación de archivos", están aprovechando la deficiencia del comando "eliminar" de Windows que todos usamos regularmente para eliminar archivos. En realidad, la operación "eliminar" en Windows solo elimina fragmentos de información de los archivos para que aparezcan eliminados en el sistema operativo. Es fácil recuperar esos archivos utilizando el software especializado de recuperación de archivos mencionado anteriormente.
Para eliminar o destruir archivos permanentemente de su sistema, debe usar un programa que sea capaz de reescribir los archivos con series aleatorias de datos binarios varias veces. Este proceso a menudo se llama trituración. De esa manera, el contenido real del archivo se ha sobrescrito y las posibilidades de recuperar un archivo triturado son en su mayoría teóricas.
Para un enfoque CLI, Sysinternals SDelete es excelente.
La única forma de garantizar que los archivos eliminados, así como los archivos que encripta con EFS, estén a salvo de la recuperación es usar una aplicación de eliminación segura. Las aplicaciones de eliminación segura sobrescriben los datos en el disco de un archivo eliminado utilizando técnicas que muestran que los datos del disco son irrecuperables, incluso utilizando tecnología de recuperación que puede leer patrones en medios magnéticos que revelan archivos eliminados débilmente. SDelete (Secure Delete) es una aplicación de este tipo. Puede usar SDelete tanto para eliminar de manera segura los archivos existentes como para borrar de manera segura cualquier información de archivo que exista en las partes no asignadas de un disco (incluidos los archivos que ya ha eliminado o cifrado). SDelete implementa el estándar de limpieza y desinfección del Departamento de Defensa DOD 5220.22-M, para darle la confianza de que una vez eliminado con SDelete, los datos de tu archivo se han ido para siempre. Tenga en cuenta que SDelete elimina de forma segura los datos del archivo, pero no los nombres de archivo ubicados en el espacio libre en disco.
Uso: sdelete [-p pasa] [-s] [-q]
sdelete [-p pasa] [-z | -c] [letra de unidad]
-c Espacio libre cero (bueno para la optimización del disco virtual).
-p pasa Especifica el número de pasadas de sobrescritura.
-s Subdirectorios recurrentes.
-q No imprime errores (silencioso).
-z Limpia el espacio libre.
Ambas herramientas son gratuitas.