Si realmente desea administrar todo su sistema (incluida la versión del kernel) como git, está buscando NixOS .
Para una versión menos complicada, puede usar el administrador de paquetes de NixOS, nix, de casi cualquier Unix. Nix se puede instalar como un usuario simple, aunque es más fácil instalarlo como root. Una vez que se instala nix, puede usarlo para instalar paquetes como usuario sin privilegios, y funciona bien junto con su administrador de paquetes existente, sin conflictos. También es muy fácil eliminar completamente nix de su sistema, por lo que realmente no hay excusa para no probarlo. ;-)
Para abordar directamente su pregunta, Nix define su sistema completo instalado como un entorno, que es, como un git commit, un puntero a un conjunto de punteros a versiones muy específicas de todos los paquetes instalados.
Cuando Nix actualiza un paquete, crea un nuevo entorno, que apunta a un nuevo conjunto de punteros a paquetes (principalmente a los existentes, para paquetes que no se han actualizado; nuevamente, esto es muy similar a un nuevo git commit, que principalmente apunta a archivos anteriores sin cambios y algunas nuevas versiones de archivos modificados).
Es, por supuesto, trivial cambiar a una versión anterior del entorno y, en mi opinión, bifurcar (es decir, crear un nuevo entorno basado en uno anterior). Se puede cargar un entorno para un shell específico (de hecho, es el conjunto de variables de entorno disponibles para un shell, de ahí el nombre), por lo que también puede tener fácilmente diferentes entornos para diferentes proyectos en la misma máquina. ¡No más problemas de dependencia porque un proyecto no relacionado necesita otra versión de una biblioteca!
NixOS lleva eso al siguiente nivel y administra toda su computadora, incluido el kernel, de manera similar, permitiendo actualizaciones de muy bajo riesgo de toda la máquina.
No he terminado de leerlos todos, pero recomiendo las pastillas Nix de Lethalman como introducción a Nix.