La GUI actual solo permite la exclusión de carpetas individuales, no todas las carpetas llamadas, por ejemplo, .svn
Pero hay una forma avanzada de agregar exclusiones: vea
https://help.backblaze.com/hc/en-us/articles/220973007-Advanced-Topic-Setting-Custom-Exclusions-via-XML
Como ejemplo, agregué la siguiente regla para excluir las carpetas ocultas .git, solo si estaban en mi carpeta ~ / Sites (otra similar podría aplicarse a .svn, node_modules, etc.):
<excludefname_rule plat="mac" osVers="*" ruleIsOptional="t" skipFirstCharThenStartsWith="users/" contains_1="/sites/" contains_2="/.git/" doesNotContain="*" endsWith="*" hasFileExtension="*" />