Creo que espera que las aplicaciones web de Access 2013 sean una imitación de la aplicación de escritorio. Puede publicar su base de datos hasta cierto punto en Office 365 a través de SharePoint. Eso no significa que tendrá la misma funcionalidad que la versión de escritorio.
Si desea consultar con SQL, deberá usar la versión de escritorio.
Alternativamente, si desea la capacidad de "búsqueda" en Access 2013 Web Apps, deberá crearla en los formularios. Microsoft explica aquí cómo crear para buscar consultas en Access 2013 Web Apps .