Prueba esto:
alias mp='java -jar myprogram.jar & && kill -SIGHUP $(echo $$)'
En realidad no probé todo tu comando, pero agregarlo -SIGHUP
al comando kill sí cerró mi terminal.
Desde la página de Wikipedia sobre señales de Unix :
La señal SIGHUP se envía a un proceso cuando su terminal de control está cerrado. Originalmente fue diseñado para notificar el proceso de una caída de línea en serie (un bloqueo). En los sistemas modernos, esta señal generalmente significa que el pseudo o terminal virtual de control se ha cerrado. [3] Muchos demonios volverán a cargar sus archivos de configuración y volverán a abrir sus archivos de registro en lugar de salir cuando reciban esta señal. [4] nohup es un comando para hacer que un comando ignore la señal.