Las versiones beta son independientes entre sí. Puede tenerlos instalados simultáneamente o no.
Simplemente arrastre y suelte la versión beta que ya no desea en la papelera, luego monte la última versión y cópiela en su carpeta de aplicaciones (o donde sea que instale sus aplicaciones si es diferente).
Asegúrese de actualizar sus herramientas de línea de comandos desde el portal de desarrollo cuando corresponda también (para su información hasta ahora, Xcode 6 B3 no tiene actualizaciones de herramientas de línea de comandos).
Si desea ser pedante en el proceso de desinstalación, además del directorio de Aplicaciones, Xcode también instala archivos en los siguientes directorios:
/Users/[USER]/Library/Caches
/Users/[USER]/Library/Caches
~/private/var/folders/60/[key]/C
/Users/[USER]/Library/Caches/com.apple.dt.Xcode.savedState
/Users/[USER]/Library/Preferences
/Users/[USER]/Library/Application Support
Si desea eliminarlos, los archivos individuales son fáciles de identificar, ya que sus nombres mencionan 'xcode' en algún momento.
EDITAR Las nuevas herramientas de línea de comandos para Xcode 6 B3 ya están disponibles: https://developer.apple.com/downloads/index.action?name=Xcode