Si desea cerrar una sesión que no sea la sesión actual (y, por lo tanto, mantener tmux ejecutándose; cerrar la sesión actual como en la respuesta de @ 0xC0000022L, también cierra tmux incluso si hay otras sesiones disponibles), haga lo siguiente en una de las ventanas de tmux:
# tmux ls
keepMe: 1 windows (created Wed Jun 24 14:20:15 2015) [171x41]
otherSession: 1 windows (created Wed Jun 24 14:22:01 2015) [171x41]
3: 1 windows (created Wed Jun 24 14:23:28 2015) [171x41]
(assuming here that you're on keepMe session)
# tmux kill-session -t otherSession
-or-
# tmux kill-session -t 3
Esto elimina la "otra sesión" o la sesión número 3, y deja tmux ejecutándose, suponiendo que no haya seleccionado "otra sesión" o la sesión número 3 cuando las eliminó.