No puedo probar esto de antemano, pero
sudo rm /usr/share/gdm/autostart/LoginWindow/libcanberra-ready-sound.desktop /usr/share/gnome/autostart/libcanberra-login-sound.desktop /usr/share/gnome/shutdown/libcanberra-logout-sound.sh
debe desactivar todos los sonidos de inicio, apagado, inicio de sesión y cierre de sesión en todo el sistema.
Un enfoque menos invasivo sería editar los archivos antes mencionados y una # antes de las lineas que contienen canberra-gtk-play. Esto los marcaría como comentarios, por lo tanto, hacer que el sistema los ignore. Esto también lo "protege" contra el sistema al reemplazar los archivos faltantes durante una actualización o similar.