Mientras sus direcciones IP estén bien definidas, es posible que no tenga colisiones, pero un buen enfoque puede ser usar máscaras de subred y ACL en el enrutador para que el tráfico de una subred no tenga acceso al tráfico de la otra subred. Solo sé cómo configurar las ACL en los enrutadores Cisco, por lo que si se trata de otra marca, no puedo ayudarlo mucho. Pero las subredes se pueden usar en (casi) cualquier enrutador, solo tiene que configurar su red de esta manera:
Subnet A
Gateway: 192.168.1.127 and subnet 255.255.255.128
Solo las IP en el rango de .1 hasta .127 tendrán acceso directo entre ellas.
Subnet B
Gateway: 192.168.1.254 and subnet 255.255.255.128
Del mismo modo, solo las IP en el rango de .129 hasta .254 tendrán acceso directo entre ellas.
Si alguna computadora dentro de la Subred A quiere comunicarse con cualquier computadora dentro de la Subred B, tendrán que pasar a través del enrutador, y ahí es donde entran en acción las ACL, pueden bloquear o permitir el acceso a ciertas IP o bloquear cualquier IP de un determinado subred por completo.
Por supuesto, los swicthes deben conectarse a diferentes puertos ethernet del enrutador (cada uno es la puerta de enlace respectiva para cada subred, el enrutador debe permitirle especificar una dirección IP para cada puerto), de lo contrario debe implementar VLAN y usar un puerto troncal para conectarse .
Ahora estoy demasiado oxidado con respecto a las redes, pero espero que esto te ayude.
Buena suerte.