Antigua pregunta, pero: si bien esto no es posible en urxvt, hice algunos cambios que agregarán una opción (secondWheel) para hacer exactamente eso y hacer que se comporte como terminales basados en VTE.
Lo que hace esta nueva opción es bastante simple: cuando se usa la rueda del mouse, si está en la pantalla secundaria (*), no se realizará ningún desplazamiento y, en su lugar, se enviarán 3 pulsaciones de teclas "falsas" a la aplicación en ejecución. Entonces, una rueda hacia arriba tendrá el mismo resultado que presionar la tecla Arriba tres veces, y la rueda hacia abajo hará lo mismo que presionar 3 veces la tecla Abajo.
(*) no estoy seguro de si este es el término "oficial" o no, pero al menos así es como se llama en urxvt.
Es bastante fácil, pero eso funciona: ahora, cuando se ejecuta man
, less
o cualquier otra aplicación que use la pantalla secundaria, puede usar la rueda del mouse para moverse (o lo que sea que haga dicha aplicación, si presiona las teclas Arriba / Abajo).
Cabe señalar que no estoy seguro de que así es como se hacen las cosas en los terminales basados en VTE, nunca lo comprobé, pero esto funciona, por lo que funciona para mí.
Puede encontrar un poco más de información y enlaces al código y PKGBUILD para Arch Linux aquí:
http://mywaytoarch.tumblr.com/post/14455320734/scrolling-mouse-wheel-improvments-vte-like-in-urxvt
¡Espero que esto pueda ser útil para algunos!