En primer lugar, supongo que los archivos que terminan en "~", creados por vim cuando se edita un archivo, sirven para realizar copias de seguridad temporales durante la edición.
Pero cada vez que abro un archivo con vim y lo cierro (: wq) luego encuentro dicho archivo ~. ¿Por qué vim no está limpiando? Supongo que hay algo que no está configurado correctamente.