Como está utilizando Notepad ++, supongo que está utilizando Windows. Tiene algunas otras opciones para ordenar alfabéticamente el contenido de un archivo de texto grande.
Mi favorito personal es PowerShell. Puede usar el cmdlet Sort-Object . El siguiente comando muestra un ejemplo de cómo usar el cmdlet. Primero leemos el contenido (Get-Content) de MyFile.txt, lo pasamos al cmdlet Sort-Object (Sort) y enviamos el resultado a un nuevo archivo (Out-File).
Get-Content MyFile.txt | Sort | Out-File MySortedFile.txt
Otra opción es usar el comando de clasificación en el Símbolo del sistema.
sort MyFile.txt /o MySortedFile.txt
Finalmente, la última opción es usar una herramienta en línea: miniwebtool.com u sortlines.com harán el trabajo.