He tenido, tal vez un problema similar, pensé que iba a intervenir en lo que hice que parece haber funcionado. Por cierto, estoy usando un trackball inalámbrico Logitech en Ubuntu 10.04.
Mi problema fue que el botón izquierdo de mi mouse inalámbrico Logitech trackball me daría muchos problemas. A veces sería grave, a veces apenas perceptible. Hacer clic a veces se registraría como un clic izquierdo, a veces se registraría como un doble clic, y muchas, muchas veces no se registraría en absoluto. Arrastrar y soltar y copiar y pegar se volvió casi imposible. Casi nunca pude resaltar el texto. En resumen, la vida con este ratón se volvió insoportable. Este problema afectó a todos los programas y ventanas.
Asumí que el problema era con el mouse, aunque solo lo tuve desde junio o julio de este año (2010). Enfoqué mis esfuerzos en tratar de arreglar el mouse. Al final, esencialmente inventé este mouse tratando de hacerlo funcionar, pero fue en vano.
Finalmente, dejé de usar el mouse por completo y cambié a un trackball con cable que nunca antes me había dado ningún problema. Sin embargo, después de usar el mouse con cable durante unos días, comencé a notar que tenía exactamente el mismo problema. Entonces, me di cuenta de que, con toda probabilidad, este es un problema con 10.04.
Después de buscar en línea por un tiempo tratando de encontrar una solución que funcionó para mí, me topé con la publicación anterior sobre el uso de metacity --replace. Entonces, en base a eso, estaba bastante seguro de que Compiz era la raíz de mis problemas con el mouse. Después de jugar con Ubuntu Tweak, una de las opciones del menú, "Habilitar la función de composición de Metacity", mencionó que tenía que deshabilitar manualmente los efectos visuales en la apariencia.
Entonces, después de deshabilitar los efectos visuales (Sistema> Preferencias> Apariencia> Efectos visuales y luego seleccionar Ninguno), el mouse vuelve a funcionar de repente. No sé si será una solución permanente o si comenzará a darme problemas nuevamente, pero pensé en mencionar esta solución.