Hacer desde Windows
He tenido un gran éxito con YUMI , es agradable y fácil y admite ISO personalizados (aunque manténgalo actualizado para las distribuciones más recientes).
También puedes probar SARDU y XBOOT .
Easy2Boot funciona tanto en Windows como en Linux. Aunque no lo he probado.
Hacer desde Linux
He probado muchos, desafortunadamente la mayoría no son tan estables y agradables como YUMI.
MultiSystem funciona bien (aunque a veces es defectuoso), con MultiSystem que tiene mucha más funcionalidad y personalización (incluidos tamaños de partición de datos persistentes). También está hecho por personas francesas, por lo que es posible que vea algunas sugerencias sobre herramientas en francés, pero puede sobrevivir con íconos y la interfaz en inglés en su mayoría localizada.
También he usado multibootusb simple, funciona bien pero tienes que escribir el nombre de archivo * .iso para iniciarlo (¿tal vez debido a un error / por diseño?).
He usado UNetbootin (disponible en el repositorio de Ubuntu Universe).
La mayoría de estos programas son front-end de Syslinux. También puede hacerlo manualmente en Linux: http://www.pendrivelinux.com/boot-multiple-iso-from-usb-via-grub2-using-linux/