De la documentación de query-replace:
[...] En el modo Marca transitoria, si la marca está activa, opere con el contenido de la región. De lo contrario, opere desde el punto hasta el final del búfer.
¿Cuál es la forma de hacerlo al revés? Es decir, si no hay nada marcado, ¿desde el punto hasta el comienzo del búfer? Tener en cuenta el comportamiento de isearch-forwardfrente isearch-backward. Puede ser que este tipo de funcionalidad no esté disponible de fábrica por una razón; si este es el caso, me gustaría saber cuál es la razón.