Dado que va a estar dirigido a netbooks, no creo que el soporte nativo de Windows FS sea tan alto en la agenda. La compatibilidad con NTFS es principalmente útil si tiene un arranque dual y desea poder acceder al otro sistema operativo.
Esperaría ext3 (posiblemente 4) para la partición nativa, así como CIFS para recursos compartidos de red, FAT (16/32) para montar dispositivos USB y posiblemente un almacenamiento en la nube basado en FUSE (GDrive ha sido rumoreado durante mucho tiempo, pero estoy Todavía no estoy convencido de que va a venir).
Dado que es un kernel de Linux, muchos otros sistemas de archivos están potencialmente disponibles pero muchos probablemente se eliminarán para minimizar el tamaño de la instalación y el tiempo de arranque.