El proyecto https://reproducible-builds.org/ tiene que ver con esto, y está tratando de hacer que la respuesta a su pregunta "no, no diferirán" en tantos lugares como sea posible. NixOS y Debian ahora tienen más del 90% de reproducibilidad para sus paquetes.
Si compila un binario, y yo compilo un binario, y son idénticos bit por bit, entonces puedo estar seguro de que el código fuente y las herramientas son los que determinan la salida, y que usted no se escabulló en algunos código troyano en el camino.
Si combinamos la reproducibilidad con bootstrappability de una fuente legible por humanos, como http://bootstrappable.org/ está trabajando en hacerlo, obtenemos un sistema determinado desde cero por una fuente legible por humanos, y solo entonces estamos en un punto donde Podemos confiar en que sabemos lo que está haciendo el sistema.