¿Cómo cambiaría el encabezado y permitiría que el archivo funcione normalmente?
No puedes!
Hay una razón por la cual la MZcadena (que representa 16 bits 0x5A4D) se conoce como un número "mágico" y, de hecho, se requiere según la especificación EXE / PE (con raíces que se remontan a los archivos ejecutables en formato DOS). El diseño de todos los ejecutables portátiles modernos aparece de la siguiente manera ( ref ):

En este artículo de MSDN sobre el formato ejecutable portátil, se detalla el encabezado de MS-DOS:
El encabezado de MS-DOS
Cada archivo PE comienza con un pequeño ejecutable de MS-DOS®. La necesidad de este stub ejecutable surgió en los primeros días de Windows, antes de que un número significativo de consumidores lo ejecutara. Cuando se ejecuta en una máquina sin Windows, el programa al menos puede imprimir un mensaje que dice que se requiere Windows para ejecutar el ejecutable.
Los primeros bytes de un archivo PE comienzan con el encabezado tradicional de MS-DOS, llamado IMAGE_DOS_HEADER. Los únicos dos valores de alguna importancia son
e_magicy e_lfanew. El e_lfanewcampo contiene el desplazamiento del archivo del encabezado PE.
El e_magiccampo (una PALABRA [NB: 16 bits] ) debe establecerse en el valor
0x5A4D. Hay un #definepara este valor, llamado IMAGE_DOS_SIGNATURE. En representación ASCII, 0x5A4Des decir MZ, las iniciales de Mark Zbikowski, uno de los arquitectos originales de MS-DOS.
Para obtener más información sobre el formato de Windows PE / .EXE, le recomiendo que consulte la sección Archivos ejecutables de Windows del Wikibook de desmontaje x86 . Contiene una amplia gama de información de bajo nivel sobre el formato.