Tuve el mismo escenario que usted (64 GB SSD + 750 GB HDD) y estaba haciendo una instalación limpia.
Primero moví mis viejos archivos de datos del perfil de usuario de la unidad del sistema operativo anterior a carpetas con nombres similares en la segunda unidad. Por ejemplo, copié C: \ Users \ Me \ Documents en D: \ Documents.
Luego usé la función de biblioteca en Windows 7 para agregar las carpetas de datos a las bibliotecas apropiadas. Esto es fácil de hacer. Después de iniciar el sistema Windows 7, simplemente utilicé el Explorador de Windows para encontrar la carpeta D: \ Documents. Luego hice clic con el botón derecho en D: \ Documentos y elegí "Incluir en la biblioteca"> "Documentos".
También puede configurar la ubicación de guardado predeterminada por biblioteca para que los programas que acceden a la biblioteca guarden automáticamente sus archivos en la segunda unidad. Haga clic derecho en la biblioteca y elija "Propiedades". Cuando aparezca la ventana de propiedades, verá una lista de todas las ubicaciones incluidas en la biblioteca. De manera predeterminada, Windows 7 incluye la carpeta de su perfil (C: \ Users \ Me \ Documents) y una carpeta del perfil predeterminado (C: \ Users \ Public \ Documents). También debería ver la carpeta que acaba de agregar (D: \ Documentos). Haga clic en D: \ Documentos y luego haga clic en el botón "Establecer ubicación de guardado", luego haga clic en Aceptar.
Puede hacer lo mismo para las bibliotecas "Música", "Imágenes" y "Video". Y si realmente quiere volverse loco, también puede crear sus propias bibliotecas. Por ejemplo, creé uno llamado "Software" donde guardo todos mis archivos de instalación, instalador e ISO.
Funciona muy bien para mi. Mis archivos están en la otra unidad y todavía son fáciles de encontrar. Aquí hay un artículo con más información: Windows 7 Feature Focus: Bibliotecas