La razón más común por la que las unidades flash se corrompen es la impaciencia. A menudo me niego a esperar para expulsar las unidades flash, y sé que no soy el único. (En mi defensa, también tiendo a asegurarme de que nada crítico esté solo en una unidad flash, y tú también deberías hacerlo).
Las unidades se corrompen cuando no las elimina de forma segura debido a algo llamado "caché de escritura". Esencialmente, el almacenamiento en caché de escritura es una característica que mejora las velocidades de escritura. En lugar de escribir cada solicitud tal como se recibe y forzarlo a esperar, su sistema operativo almacenará en caché estas solicitudes y las cumplirá todas de una sola vez. Cuando le dice a su computadora que quite o desmonte su unidad flash de manera segura, esencialmente le advierte al sistema operativo que lo va a quitar, por lo que escribe todas las solicitudes en su caché en el disco y le dice a todos los programas en segundo plano que dejen de acceder. Si no espera, podría tener elementos en espera de ser escritos en el disco, lo que podría resultar en un sistema de archivos corrupto.
En cuanto al formato, personalmente prefiero ext4 para mis unidades flash. Para Windows, diría que vaya con NTFS, ya que ext4 tiende a causar problemas en Windows. NTFS admite archivos grandes y revistas, por lo que funcionará bastante bien. El sistema de archivos es en gran medida una elección personal y, por lo general, cualquier cosa que sea menos propensa a la corrupción también será significativamente más lenta. ZFS se está volviendo popular, aunque no sé si eso funciona en Windows, y no sé si se puede poner en una unidad flash.
En términos de marcas, no encuentro una gran diferencia en la calidad de una a otra. Algunos tienen una mejor protección para los conectores, algunos ciertamente se sienten menos 'endebles' (aunque, sorprendentemente, he descubierto que los débiles se rompen con menos frecuencia). Usualmente solo uso lo que sea barato.
Debe reconocer que nada importante debe mantenerse únicamente en la memoria flash. Las memorias USB son demasiado fáciles de perder, pisar o dejar caer en el inodoro, etc. Se debe hacer una copia de seguridad de los datos importantes y guardarlos en al menos dos unidades distintas, y preferiblemente en al menos 2 ubicaciones físicas separadas (piense en el riesgo de incendio, riesgo de inundación , etc.)