La respuesta de Brad anterior es una buena respuesta. Sin embargo, he encontrado una solución ordenada para proporcionar esta funcionalidad. Básicamente, quiero restringir el acceso a los archivos en una carpeta solo a mi aplicación.
Implementaré un servicio de Windows iniciado por el administrador (este tiene acceso a mi carpeta especial). Un usuario estándar de Windows no tiene acceso a esa carpeta.
Mis servicios de Windows pueden exponer la funcionalidad para acceder al contenido en una carpeta en particular. Mi aplicación personalizada EXE utiliza el servicio de Windows para acceder a ese contenido. Esto significa que mi aplicación puede editar archivos en la carpeta especial a través del Servicio de Windows, pero los usuarios con acceso restringido a la carpeta no pueden realizar cambios.