Hardware
Si está utilizando ese disco de 3TB en un sistema de 64 bits (SO y hardware), la instalación de cualquier sistema operativo debe ser sencilla.
Instalar y usar su disco con un sistema de 32 bits puede ser problemático.
Si está instalando su disco duro de 3TB en un sistema de 32 bits y no de 64 bits, tendrá problemas con algo más grande que aproximadamente 2.2TB ya que no puede abordar más que eso. (2^32) * 512
es el máximo donde 2 es para binario, 32 es el número de bits que su sistema puede abordar y 512 es el tamaño del sector (bits por sector). He visto discos duros más nuevos que tienen sectores más grandes, en cuyo caso puede instalar discos más grandes que 2.2TB.
La documentación a la que hace referencia dice 64 bits, por lo que si se asegura de instalar también un sistema operativo de 64 bits, esto debería ser bastante sencillo.
Instalación
Debian
Si elige instalar Debian, la partición de su disco duro será una de las partes "más difíciles" de la instalación. Si va a ejecutar esta máquina en un entorno de producción, puede decirle a Debian que particione su configuración automáticamente y luego realice los cambios que se ajusten a sus necesidades.
Ubuntu
Hace tiempo que no instalo la edición del servidor Ubuntu, pero sospecho que, dado que Ubuntu es un derivado de Debian, el proceso de instalación será bastante similar.
Espero que esto ayude. Salud.