Este es un hilo viejo, pero agregaré lo que acabo de aprender para ayudar a otros que vienen aquí.
Para Debian, el problema con la respuesta dada es que el cambio se deshará la próxima vez que haya una actualización del software. Desde la página del manual para update-rc.d
:
Un error común de administración del sistema es eliminar los enlaces con la idea de que esto "deshabilitará" el servicio, es decir, que evitará que se inicie el servicio. Sin embargo, si se han eliminado todos los enlaces, la próxima vez que se actualice el paquete, el script posterior al paquete ejecutará update-rc.d nuevamente y esto reinstalará los enlaces en sus ubicaciones predeterminadas de fábrica.
Creo que es mejor usar la directiva de desactivación:
sudo update-rc.d apache2 disable
Esto tiene la ventaja de que la enable
directiva puede revertir el cambio.