¿ ext4
Deben desfragmentarse los sistemas de archivos?
Sí (pero muy raramente).
Si es así, ¿cómo los defragmento?
Copie todos los archivos de la partición, borre los archivos de la partición y luego vuelva a copiar los archivos en la partición. El sistema de archivos asignará de manera inteligente los archivos a medida que los vuelva a copiar en el disco.
Si no, ¿podría publicar una explicación simple de por qué no es necesario desfragmentarlos?
ext4
actúa de una manera más inteligente que simplemente agregar nuevos archivos al siguiente espacio disponible. En lugar de colocar varios archivos cerca uno del otro en el disco duro, los sistemas de archivos de Linux dispersan diferentes archivos por todo el disco, dejando una gran cantidad de espacio libre entre ellos. Cuando un archivo se edita y necesita crecer, generalmente hay mucho espacio libre para que el archivo crezca. Si se produce fragmentación, el sistema de archivos intentará mover los archivos para reducir la fragmentación en el uso normal, sin la necesidad de una utilidad de desfragmentación.
Gracias a un comentario de @Green Reaper me ha llamado la atención sobre e4defrag .